一种新能源接入配电网的不对称故障区段定位方法、装置及系统，该方法包括：离线条件下根据配电网的拓扑结构及线路负荷的负序分量参数形成负序节点阻抗矩阵，抽取负序节点阻抗矩阵中测量节点对应行生成感知矩阵；通过FFT计算各稀疏测点的负序电压，将负序等值阻抗加入感知矩阵中以对感知矩阵进行实时修改；利用加入负序等值阻抗后的感知矩阵和稀疏测点的负序电压求解出虚拟的全部节点的负序注入电流；将负序注入电流中前两个最大值所对应的节点视作故障区段两端的节点，从而实现故障区段定位。本发明对于含分布式新能源接入的配电网中发生的不对称故障时，仅需极少量的测点电压数据即可实现故障区段定位，受故障接地电阻和测量噪声的影响较小。