本发明公开了一种电动汽车IGBT模块结温估算方法及其系统，属于电动汽车IGBT结温估算领域，该方法包括根据双脉冲测试原理对实际工况下的电动汽车IGBT模块进行电流拉偏、电压拉偏以及温度拉偏，得到IGBT器件开通损耗、IGBT器件关断损耗和二极管反向恢复损耗；获取电动汽车IGBT模块的工况参数，并根据工况参数、IGBT器件开通损耗、IGBT器件关断损耗和二极管反向恢复损耗，利用IGBT模块损耗计算方法，得到损耗结果；根据阶跃响应法，得到考虑冷却液水温和流速的IGBT热阻抗；根据损耗结果以及考虑冷却液水温和冷却液流速的IGBT热阻抗，得到电动汽车IGBT模块结温。本发明解决了电动汽车控制器功率器件过温导致失效的问题，提高了结温估算精度。