本发明公开了一种飞秒激光直写光刻胶及其在制备硅纳米图案中的应用。所述飞秒激光直写光刻胶包括未经改性或经过硅烷偶联剂改性的纳米硅颗粒、光引发剂、单体、树脂、分散剂和溶剂。本发明提供了所述的飞秒激光直写光刻胶在制备硅纳米图案中的应用，具体步骤为：(1)将涂有所述飞秒激光直写光刻胶的硅片放到飞秒激光直写系统的载物台上，开启飞秒激光直写系统，启动飞秒激光进行刻写；(2)将刻写后的光刻胶进行显影，得到微结构；(3)将得到的微结构于光刻胶组分中有机物的玻璃化转化温度以上进行加热，得到硅颗粒组成的硅纳米图案。本发明提供的硅基转移方案转移难度低，转移精度高，对比深硅刻蚀的转移方法极大的降低了成本。