本申请提供了一种基于微生物处理的酸性矿山废水处理系统，包括依次设置的调节池、曝气池、中和池和溶解池；其中，曝气池内部设有菌液添加装置、曝气搅拌装置和两组收集装置，曝气搅拌装置设于两组收集装置之间，能够在提高废水氧含量的同时迫使沉淀物收集于收集装置。收集装置包括固定于曝气池池底的导向杆组、滑移连接于导向杆组的活动板架以及用于迫使活动板架升降的起吊机构，活动板架底部可拆卸安装有用于收集沉淀物的网纱袋；在初始状态下，活动板架及网纱袋均位于曝气池池底，通过控制起吊机构动作能够迫使活动板架及网纱袋移动至曝气池上方。基于此，能够在曝气池上方、方便地对沉淀物进行收集处理，提高作业效率。