本发明涉及生物工程技术领域，尤其涉及一种结晶阿洛酮糖的制备方法，本发明通过制备含D‑阿洛酮糖‑3‑差向异构酶酶制剂的固定化酶、含固定化酶和凝胶型聚苯乙烯钙型色谱树脂的色谱分离系统进行阿洛酮糖料的制备，再将所得阿洛酮糖料液依次进行脱色、离子交换脱盐、真空浓缩、蒸发补料结晶和降温结晶，得到结晶阿洛酮糖。本发明通过以上制备方法，实现了阿洛酮糖的连续高效转化，阿洛酮糖出料纯度达到98~99%、单位树脂单位时间处理量达到0.038~0.045t/m3·h，远高于一般的糖化过程所得纯度，可生产连续，减少中转、暂存等过程，提高生产效率。