本申请公开了一种基于超声波的铁路区间施工防护方法及系统，所述方法通过检测钢轨振动信号，并向钢轨发射预设频率超声波信号；然后采集钢轨中的机械波信号；其中，所述机械波信号包括钢轨振动信号和钢轨反射的超声波信号；随后从所述机械波信号中提取信号波形、信号强度和时间信息，并根据所述信号波形、信号强度和时间信息计算列车距离；获取列车距离后，比对所述列车距离和预设预警阈值，如果所述列车距离小于所述预警阈值，生成告警指令；最后根据告警指令发出告警信号。所述方法通过向钢轨发射超声波信号并采集钢轨中的机械波信号，消除地形路段影响，对列车距离进行测定，提高安全防护的准确性和及时性。