本发明公开了一种地下水大降深疏干下的全有效网格单元流场模拟方法，包括以下步骤：对地下水系统进行网格化剖分，获取地下水系统数值仿真网格单元；基于达西定律结合调和平均渗透系数和加权平均过水断面厚度，获取沿水平方向上地下水系统数值仿真第一网格单元和第二网格单元之间的水力传导系数；基于达西定律结合调和平均越流系数，获取沿垂向上地下水系统数值仿真所述第一网格单元和第三网格单元之间的水力传导系数；基于水量平衡原则，获取地下水系统数值仿真所述第一网格单元的贮水项；构建大降深疏干条件下描述地下水运动的模型，迭代获取地下水系统各数值仿真所述第一网格单元的水头，通过图像化处理后获取大降深疏干条件下的流场。