一种经自然通道内窥镜操作的双频滤波直观主从映射方法，包括：操作者通过主端操作手柄产生手柄原始位姿，通过双频滤波算法滤除原始位姿中的高频噪声以及手部不受控的颤抖和漂移，生成手柄网络位姿；手柄网络位姿通过网络通信传给从端机械臂控制器，通过限速、限接触力、限伸缩量算法对手柄网络位姿做修正，通过直观主从映射算法得到机械臂目标位姿；对机械臂目标位姿实现比例运算，得到机械臂待执行位姿；对机械臂待执行位姿判定是否符合限位条件，不符合条件则拒绝执行，符合条件则最终输出为机械臂执行位姿。