本发明提供了控制既有管道变形的流水线式保护系统及保护方法，其中，控制既有管道变形的流水线式保护系统，包括悬吊架模组、悬吊钢绳、升降调节组件及伸缩支撑组件，悬吊架模组可移动地设置于施工地面上；悬吊钢绳的两端连接于悬吊架模组上，悬吊钢绳悬吊既有管道；升降调节组件的一端与悬吊架模组连接；借由升降调节组件驱使悬吊架模组连同悬吊钢绳一起上升，以使悬吊钢绳将既有管道上提；伸缩支撑组件设置于管道基槽内；借由伸缩支撑组件可拆卸地支撑既有管道，使得升降调节组件驱动悬吊架模组连同悬吊钢绳一起下降并释放既有管道，从而使得悬吊架模组带动悬吊钢绳移动至下一个悬吊位置处，以对既有管道的另一位置处进行悬吊保护。