本发明公开了一种铍(II)矿化试剂及含铍废水深度净化方法。铍(II)矿化试剂主要包含含钙化合物和含磷酸根化合物，该铍(II)矿化试剂能够将水溶液中游离态铍离子矿化成稳定的磷钙铍石[CaBe2(PO4)2]和羟磷铍钙石[CaBe(PO4)(OH)]等矿物沉淀，实现含铍废水中铍离子的高选择性深度净化，以消除水环境中的铍污染，特别适合于铍、锂、铅、锌等有色金属冶炼过程中产生的含铍废水治理，能使含铍废水中铍浓度降低至0.002mg/L以下，低于《国家污水综合排放标准(GB8978‑1996)》中规定的5μg/L排放标准，且具有成本低、无毒害，施工工艺简单、净化效率高、沉淀渣长效稳定性好、无二次污染等优势。