本发明公开了GsSYP51b蛋白及其编码基因在调控植物耐逆性中的应用。所述GsSYP51b蛋白为a1)或a2)或a3)或a4)：a1)氨基酸序列是序列3所示的蛋白质；a2)在序列3所示的蛋白质的N端或/和C端连接标签得到的融合蛋白质；a3)将序列3所示的氨基酸序列经过一个或几个氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加得到的与植物耐逆性相关的蛋白质；a4)与序列3所示的氨基酸序列具有90％同一性、来源于大豆且与植物耐逆性相关的蛋白质。本发明的实验证明，将GsSYP51b基因超表达于拟南芥中，可增强拟南芥对盐碱胁迫的耐性，说明该蛋白可以为培育耐盐碱转基因植物的研究奠定基础。