本发明公开一种充填管道控制系统和控制方法，所述充填管道控制系统包括：主管路、排水管路、注浆支管路和控制切换装置，主管路包括第一口，主管路适于通入水和浆料中的一者；排水管路包括第一进水口；注浆支管路包括浆料进口；控制切换装置包括切换组件和控制组件，切换组件可选择地将第一口与第一进水口和浆料进口中的一者连通，控制组件包括光发射器、光接收器和控制器，光发射器和光接收器均设在主管路内，且光发射器和光接收器对应，光接收器与控制器电连接，以使光接收器能够向控制器传输光线强度信号，切换组件与控制器电连接。本发明的充填管道控制系统能够降低操作人员的劳动强度，减少了人工成本。