本发明公开了一种动态信道均衡滤波器及光纤通信系统，动态信道均衡滤波器包括光学前端、4f系统和光学引擎；光学前端由输入输出光纤阵列、微透镜阵列、柱透镜、渥拉斯顿棱镜、半波片构成。整体光路上通过光学前端将光纤输出端的光斑整形、扩束成椭圆光斑，并进行偏振分集，得到两束具有一定夹角的相同偏振态的线偏光。两个弧面正交的柱透镜偏转光束，光栅将光按照波长衍射展开，光学引擎可以改变光的偏振态，对不同波长的改变量不同，并将光反射回至光学前端。由于光学前端只能允许特定偏振态的光通过，这就衰减了光功率，实现了对不同信道光功率的均衡。本发明采用以电光晶体为驱动的光学引擎，能够获得更快的响应速度、更小的损耗与更低的成本。