本说明书实施例提供基于可信执行环境的数据查询方法以及系统，其中所述基于可信执行环境的数据查询方法，应用于数据服务平台的第一客户端，该方法包括：响应于第一机构发送的数据查询请求，对所述数据查询请求进行解析，生成数据查询执行计划；在确定所述数据查询执行计划中存在多方计算的情况下，向配置有可信执行环境的处理端发送多方计算请求；接收所述处理端根据所述多方计算执行计划，对所述第一数据和第二数据进行计算获得并发送的多方计算结果，且将所述多方计算结果返回至所述第一机构；实现了基于可信执行环境的联合查询，通过硬件提供的隔离环境，保护多方计算任务的机密性和完整性，提高了查询效率，并且SQL支持性较好。