本发明公开了一种基于变分自动编码器的遥感图像匹配方法及系统，包括：步骤S1：获取遥感影像图像上的待匹配图像块；步骤S2：利用变分自编码器提取所述待匹配图像块和对应遥感影像底图的特征，获得所述待匹配图像块和所述遥感影像图像的各兴趣点集；步骤S3：将各所述兴趣点集进行特征尺度和主导方向分配；步骤S4：使用归一化互相关匹配算法对所述步骤S3中特征尺度和主导方向分配后的兴趣点集进行匹配，得到匹配度矩阵得分，根据所述匹配度矩阵得分确定最佳匹配区域。本发明提高了遥感图像匹配的精度和工作效率。