本发明公开了一种基于上下游协同的光伏发电有效功率预测方法及系统，应用于光伏发电技术领域。包括：采集发电出力数据和日前预测数据数据；采用空气质量检测仪测量空气中沙尘粒子直径和浓度；获取未考虑沙尘暴影响的日前预测数据，并采集月度发电量[Em]和[En]；建立基于神经网络模型的沙尘暴影响函数；建立上下游光伏电站的沙尘粒子输送衰减模型；不考虑沙尘暴影响的下游j个光伏电站t时刻的预测发电能力[Pj]；获取下游光伏电站发电能力预测修正数据；获取分布式光伏电站等效集中式光伏电站发电能力系数；获取区域内分布式光伏沙尘暴天气的发电能力。本发明解决了沙尘暴天气下光伏准确预测难题。