本发明涉及一种柔性直流系统防过调制谐波畸变主动控制方法及系统，其包括：获取由交流电压实时计算得到的柔性直流换流器的调制比，判断该调制比是否满足设定的限制条件，是则确定满足限制条件的调制比的持续时间；若持续时间达到设定的第一时间tset1，则启动附加控制；若持续时间达到设定的第二时间tset2，则退出附加控制；附加控制启动后，根据调制比确定无功功率参考值或交流电压参考值的修正量，通过修正量与原参考值叠加后确定新的参考值，基于新的参考值主动增大柔性直流换流器从附加控制系统吸收的无功功率，以主动降低调制比。本发明能有效解决柔性直流过调制及其造成的系统失控、谐波畸变等难题，提高柔性直流系统的安全稳定性。