本发明提出了一种胡麻杆‑穗分离脱粒装置，在切割装置内通过四组切割刀片将胡麻茎秆和穗头切割分离，在切割刀上扬谷器和其产生气流的作用下将切割后的短茎秆及穗头经切割装置出口抛扬至分离装置，分离装置主要有双层振动筛组成，将物料分为较长茎秆和蒴果、短茎秆、胡麻籽粒，其中较长茎秆和蒴果进入脱粒装置，在脱粒装置内脱粒滚筒级凹板的作用下完成脱粒作业。该机采用先切割后脱粒的作业方式，避免了因茎秆较长缠绕脱粒滚筒现象，解决了胡麻脱粒作业过程中茎秆缠绕机具，降低机具使用寿命的难题，同时采用分离装置将切割作业过程中刀片冲击胡麻蒴果后的胡麻籽粒分离直接从脱粒装置出口排出，避免了脱粒装置的二次脱粒，提高了装置的作业效率。