一种运营条件下端刺区无砟轨道路基持续上拱整治方法，包括如下步骤：施工准备；纵向第一步单元路肩工作槽暗挖；纵向第一步单元第一层暗挖；纵向第一步单元第二层第一批单元暗挖；纵向第一步单元第二层第一批单元浇筑混凝土；纵向第一步单元第二层第二批单元暗挖；纵向第一步单元第二层第二批单元浇筑混凝土；纵向第二步单元暗挖置换与浇筑；重复步骤3‑7；轨道结构高程与平面调整；灌浆恢复；精调线路；恢复线路。本发明通过深层暗挖置换的方式解决了运营条件下，无砟轨道路基深层换填及无砟轨道高程调整的问题；本发明可在运营条件下，彻底解决端刺区无砟轨道路基持续上拱变形问题，整治过程中可以调整无砟轨道的几何状态。