本发明提供一种电机匝间短路故障诊断系统、方法和新能源汽车，高频检测信号及电源驱动电压输入至电机绕组；采集并储存所述电机绕组输出的三相电流信号后，提取所述三相电流信号的高频电流分量；根据所述三相高频电流分量的均方根、所述三相高频电流分量均方根之比和故障指标的大小判断电机是否发生故障及电机故障程度。通过耦合式高频信号注入和对电机电流进行高频分析，实现对无刷直流电机绕组匝间短路故障的准确检测与识别。且此方法不受电机运行状态的影响，大大提高了无刷直流电机匝间故障诊断的可靠性。同时，耦合注入的方式减小了高频信号产生的响应电流和电磁转矩，不会对电机的正常运行产生干扰，保障了电机的稳定运行。