本申请公开了基于多源异构数据与隐私计算的农业遥感智能应用系统，涉及农业遥感领域。具体实现方案为：多元异构数据获取单元，用于获取多源异构数据，并将数据进行组织与存储；模型算法训练优化单元，用于对多源异构数据进行算法模型的训练与优化，并上传部署到云服务器端；云原生信息存储、传输与处理单元，用于对数据进行存储、传输、处理；农业遥感终端应用单元，用于向处理单元发送应用需求，获取应用结果并使用密钥解密付诸实际应用；隐私计算加密/解密单元，用于将多源异构数据和模型算法加密，在获取应用结果阶段解密。本申请充分利用多源异构数据和隐私计算优势，扩充可信遥感应用数据源，切实保障各方数据和模型安全可信可控。