本发明公开了一种用于对聚焦磁场优化设计的方法及系统，其中方法包括：确定聚焦磁场的待优化目标，基于聚焦磁场的待优化目标确定遗传算法的适应度函数；基于所述适应度函数确定聚焦磁场计算模型；基于所述聚焦磁场计算模型计算所述待优化目标的参数值，基于所述待优化目标的参数值，确定聚焦磁场分布。本发明技术方案包括采用带精英策略的非支配排序遗传算法，其优化目标是磁感应强度总大小和均方根束流横向尺寸同时向最优方向收敛，从而得到加速器轴向聚焦磁场的优化分布结果。