本申请涉及一种闸控的湖泊与河流水文连通度计算方法、系统及介质，方法包括，步骤1)确定闸控湖泊和与之连通河流的水文要素；步骤2)确定闸控湖泊与河流连通水道上水闸的设计及运行参数；步骤3)提取研究湖泊的形态信息以及湖泊与所连通河道的位置关系；步骤4)分别计算每条连通水道的湖泊与河流的水文连通度指数；步骤5)确定每条通江水道的计算权重，计算河流‑湖泊综合水文连通度。本申请不需要精细的地形资料与复杂的数值模拟，可全面地反映闸控湖泊与河流的连通特征及程度，使用该方法可对不同区域闸控湖泊与河流水文连通的横向比较，可恰当地反映闸控湖泊与河流水文连通的演变规律，可确定面向湖泊水生态环境保护的水闸调度方案。