本发明公开了一种海上风能资源观测站点选址方法及系统，方法包括：设定目标海域并收集其内网格化风场再分析资料，对其进行预设数据使用条件判断得到网格化历史风场时间序列数据；遍历每个网格点并对其进行空间相关性分析得到每个网格点相关系数数据集，并分别与预设网格点之间风场时间序列数据相关系数阈值进行比较确定网格点的代表半径；收集目标海域内已有的风能资源观测站点位置信息及相应观测的数据，对网格化的数据基于前述空间相关性分析得到已有观测站点的代表半径，并与目标海域及其内所有网格点代表半径进行评估得到观测站点的布置位置。本发明提供的选址方法及系统，能避免不必要站点的重复建设，提高了观测站点的代表性和适用范围。