本发明公开了一种热屏蔽装置及约瑟夫森结阵芯片系统，其中，热屏蔽装置包括低温恒温器、传感器组、辐射屏蔽板、夹具组件和真空屏蔽罩组件；低温恒温器包括依次间隔设置的冷头、第一级底盘和第二级底盘；真空屏蔽罩组件包括第一真空屏蔽罩和第二真空屏蔽罩，冷头位于第一真空屏蔽罩内；真空屏蔽罩组件还包括热屏蔽氧化铝层，所述热屏蔽氧化铝层涂覆于第一真空屏蔽罩和/或第二真空屏蔽罩表面；辐射屏蔽板固定于冷头上；夹具组件设于辐射屏蔽板上并固定约瑟夫森结阵芯片；传感器组靠近约瑟夫森结阵芯片设于辐射屏蔽板上。本发明可以对约瑟夫森结阵芯片进行热屏蔽，减少净辐射转移。