本发明公开了一种连续色谱脱除木糖溶液无机酸的系统及方法，涉及木糖醇生产技术领域，其系统包括管式膜除杂模块、阀芯和转盘模块、色谱脱酸模块和控制柜，其中管式膜除杂模块的操作方法，包括以下步骤S1：膜芯清洗干净后在压力15bar，温度25℃下测试膜芯的水通量，测试好之后将设备里面的水排放干净，取水解液；S2：料液取样、记录体积开进料阀加入料筒，开机走料，走料过程控制进压20bar，温度控制在40‑42℃，走料过程中每隔半小时测透析液通量、进料折光、透析液折光并记录。本发明在无机酸与糖分离过程中，能够减少加灰中和环节，为后续连续离交环节减少负荷，水解液色谱脱酸可以连续稳定运行，并且解决了色谱酸液回用的问题。