本发明公开了基于主控芯片的嵌入式设备的系统升级及回滚方法及系统，方法包括：对设备外部扩展的Flash空间创建存储区；主控芯片内部Flash检测当前是否需要升级或回滚；接收配置信息，将程序搬移到设备的RAM中；从配置信息区读取串口配置信息、验证系统升级程序来源的参数，等待接收从上位机发送的命令；解析的命令是roll back，得到上一版本系统备份的实际位置；将此区域的程序通过SPI接口读取后写入主控芯片的闪存中；解析的命令是update，从串口接收的码流存储于临时程序区，等待验证；对临时程序区的码流进行数字签名验证；查看升级程序存储到应用程序区将新系统代码写入主控芯片Flash，修改标志信息存储区，更改上一版本和当前版本系统程序的位置信息。