本发明属于电气设备整定方法领域，公开了适应磁偏置超导限流器的过流保护整定方法和系统，本发明针对交流电力系统中的过流保护，依据故障发生后的不同时间段内偏置超导限流器中双分裂电抗器的电抗、分裂电抗器支路的电抗、限流器失超后的阻抗以及等效电源的相电势，计算三段过流保护单元的整定值，能避免磁偏置超导限流器接入系统后对系统过流保护可靠性的影响，确保系统的继电保护可以正确动作、切除故障线路。本发明在计算过程中，只涉及原始整定值、等效电源的相电势和磁偏置超导限流器中双分裂电抗器的电抗、分裂电抗器支路的电抗和限流器失超后的阻抗的参数，不需要考虑线路上的详细阻抗参数，涉及的参数少，避免了繁琐的计算。