本发明涉及生物技术领域，具体涉及番茄SlMYB13蛋白及其编码基因在调控植物耐盐、耐旱性中的应用。番茄SlMYB13基因能够负调控植物耐盐、耐旱性，通过降低SlMYB13基因的表达量，能够有效提高植物耐盐、耐旱性，为培育高耐盐、耐旱性的植物新品种提供了宝贵基因资源和新方法。本发明利用CRISPR‑Cas9基因组定点编辑系统突变番茄SlMYB13基因，创制了耐盐、耐旱番茄株系，该番茄株系耐盐、耐旱能力显著提高，具有重要的应用价值。