本发明涉及一种自动包埋系统，包括冷却板、压板机构、滴蜡机构和抬升机构；滴蜡机构包括滴蜡头，滴蜡头位于冷却板的上方；抬升机构用于支撑包埋底座，并能够带动包埋底座在第一工位和第二工位之间切换，在第一工位，包埋底座的底壁与冷却板接触，在第二工位，包埋底座位于冷却板的正上方，且与冷却板之间留有间隔距离；压板机构包括移动机构和压板，压板能够在移动机构的带动下在第一位置和第二位置之间移动；压板处于第一位置时，压板位于包埋底座内，并向下压迫包埋底座内的组织，压板处于第二位置时，在水平方向上，压板位于冷却板之外。能够实现对组织的自动包埋，降低操作人员的劳动强度，提升组织的包埋效果和包埋效率。