本发明公开了一种燃料电池电站和控制方法以及控制系统，属于燃料电池技术领域。本发明的一种燃料电池电站，设置独立区域一、独立区域二；在独立区域内部一装配若干个电堆，形成N个车规级的电堆规模结构，并设置开关件，用于控制氢气或/和空气或/和冷却液的进出；在独立区域二内装配燃料电池辅件，用于为独立区域一提供发电需要的氢气或/和空气或/和冷却液，从而可以将大量单一部件整合为一个或一套部件，进行统一供氢、供空和冷却散热，因而可以有效节省成本，部件也可以统一配置和管理，便于对燃料电池进行安装、维护和使用，进而满足越来越大的功率应用需求，方案科学、合理，切实可行。