本发明提供一种基于微电网的混合储能控制系统，涉及微电网领域。该基于微电网的混合储能控制系统，包括电池模块、能量管理模块、电池管理模块、变流器模块、温度检测模块、冷却模块、保护模块和照明监控模块，所述电池管理模块包括有电池测量单元、电池保护单元、电池均衡单元、电池继电器单元、电池状态检测单元和电池故障报警单元。通过电池管理模块中的电池测量单元对混合储能电池的温度、电压和电流进行测量，通过电池保护单元对混合储能电池的短路、过压、欠压和过温进行测量，可以防止混合储能电池温度过高、过压、短路和欠压对混合储能电池使用造成影响，保护并延长电池使用寿命。