本发明公开了一种含多个新能源大基地的网省两级有功协同控制方法及系统，所述方法包括：获取区域电网新能源大基地聚合控制区中各省级电网新能源大基地控制区电力数据；构建新能源大基地控制区的区域调节偏差模型和新能源大基地聚合控制区的区域调节偏差模型；当新能源大基地聚合控制区的区域调节偏差小于预设门槛时，确定火电调节功率和新型储能调节功率；当新能源大基地聚合控制区的区域调节偏差大于预设门槛时，区域电网管辖水电与各新能源大基地控制区中的火电和新型储能共同完成该控制区的有功控制需求。本发明充分利用广域新能源波动的互补性降低总体调节需求，并优化调用火电、新型储能等调节资源，提升电网的安全稳定运行能力。