本申请公开了一种用于甲醇重整器的在线活化系统，属于甲醇重整燃料电池技术领域，所述在线活化系统达到活化指标时，进入在线活化过程；所述在线活化过程包括如下步骤：S1、保持甲醇重整器中甲醇与水的进料体积比，其中甲醇占比为N％vol，向甲醇重整器内的重整催化剂中脉冲注入空气；所述脉冲的条件为：脉冲频率为40Hz，持续时间为1 10s，间隔时间为1 5min，2 3~ ~ ~次间隔；S2、调节甲醇重整器中甲醇与水的进料体积比，至甲醇占比为(N‑20)~(N‑1)％vol，运行10min。本申请解决已使用的燃料电池系统中甲醇重整燃料电池甲醇催化剂的在线活化难题。