本发明公开了一种自适应双母运行方式的小电流接地选线方法及装置，方法包括：当母线零序电压超过预设阈值时，提取母线零模电压特征频带暂态分量及所有支路零模电流特征频带暂态分量；对所有支路零序电流基波幅值进行阈值判别，筛选出可能故障支路；计算所有可能故障支路零序电流暂态分量的矢量和，当矢量和为0时，若故障母线数为1，则暂态分量累积和最大支路为故障支路；否则根据零序电压奇异点对齐后的各支路零序电流与零序电压故障特征相关特性判断当前支路是否为故障支路；当矢量和不为0时，若所有支路零序电流故障特征可归为不大于故障母线数类，则母线接地，否则故障特征唯一支路为故障支路。本发明使故障判别自适应双母线运行方式。