本发明公开了一种基于有限差分法的天然气长输管道水合物预测方法及系统，该方法包括如下步骤：S1：对长输管道生产现场的生产数据进行采集，并进行数据清洗；S2：建立长输管道水合物预测模型；S3：划分长输管道离散网格，并将步骤S1清洗的数据分成运行参数和检验参数，对长输管道水合物预测模型精度进行检验；S4：将待预测长输管道的生产数据按照步骤S1进行处理，并将边界条件输入精度达标的长输管道水合物预测模型中，通过长输管道水合物预测模型输出预测结果。本发明的预测结果能够更加及早的发现长输管道水合物堵塞情况，管理预防生产风险，及时的对水合物运移、聚集、展开防治措施。