本发明公开了一种多层次聚类确定区域内快速病原体核酸检测点的方法，包括以下步骤：步骤1：在拟研究区域将各小区按照行政区域划分并进行经纬度坐标化；步骤2：根据需求设置检测点的采样能力及浮动区间；步骤3：各小区人数与检测点采样能力匹配，确定该小区内A类检测点；步骤4：对不满足独立设置检测点(A类)条件的小区，在其行政区内根据距离聚类；步骤5：对步骤4输出的聚心进行步行距离限制和人数限制检测，确定B类检测点；步骤6：将剩余的小区纳入到离其最近的聚心(A类或B类)所在聚类区，若不满足步行距离限制，则重新进行聚类，确定C类检测点；步骤7：输出A、B、C类检测点的选址坐标及检测能力范围。