本发明提供了一种海上移动微网群物流与能源协同调度方法及系统，包括：构建基于多层离散时空网络的船队物流调配模型；构建多目标船舶能量管理模型；将船队物流调配模型和多目标船舶能量管理模型结合，构建基于多层离散时空网络的调度模型，优化基于多层离散时空网络的调度模型，实现在满足各港口物流需求的前提下，进行船舶航行链路的分配与能源设备的优化调配；所述船队物流调配模型是基于海上离散时空网络实现全电力船舶的物流集群调度和航行时空链路的分配；所述多目标船舶能量管理模型是通过保障各港口物流需求和船舶准时抵达的前提下，以最小化的船舶能源系统运行成本和碳排放为目标，有效地实现了能源利用和碳排放的双重优化。