本发明公开了调水工程管理体系的指标评价方法、系统及可存储介质，涉及水利工程领域。本发明包括：获取调水工程智慧管理体系的管理信息，智慧水利以及水利工程管理考核的评价考核标准；利用评价考核标准对管理信息中的各项指标进行分层次评分；利用层次分析法对评分结果构建判断矩阵，并利用变异系数法对评价指标权重进行设定；根据判断矩阵和设定的评价指标权重，构建调水工程智慧管理体的评价指标体系。本发明运用层次分析法、变异系数法等理论，建立了便捷有效、易于操作的单项指标评价及综合评价方法。