本发明公开了一种不对称短路故障下永磁直驱风电系统的短路电流分配方法，包括：在故障期间向公共并网点注入满足电网导则规定的无功电流，计算给定网侧变流器的正序无功电流指令和负序无功电流指令；根据电网电压不对称度，计算故障期间永磁同步发电机的有功功率极限值；判断永磁同步发电机给定的有功功率与故障期间永磁同步发电机的有功功率极限值之间的大小关系，并根据判断的结果计算网侧变流器的正序有功电流指令和负序有功电流指令；根据正序无功电流指令、负序无功电流指令、正序有功电流指令和负序有功电流指令，抑制不对称故障下永磁直驱风电系统的总输出无功功率二倍频波动。