本发明公开了一种并网变流器的电流环补偿方法，建立并网变流器锁相环的线性化模型；基于线性化模型，建立包含该模型的变流器输出阻抗模型；对不包含和含有锁相环模型的输出阻抗模型进行阻抗分析；通过阻抗分析，得到锁相环像系统中引入负阻尼和频率耦合带来的影响；根据锁相环对变流器阻抗的影响，提取锁相环相位差信号，对变流器的电流环进行补偿。本发明还公开了一种并网变流器的电流环补偿系统及存储介质，用以实现上述方法。本发明是基于电流环补偿的阻抗重塑型并网变流器设备，可以提高并网系统阻尼，有利于抑制宽频振荡的产生，提高新能源并网系统的安全稳定运行能力。