本发明公开了一种溶酶体靶向嵌合体及其制备方法和应用，涉及生物医药领域。本发明基于亲和素和生物学偶联系统，提供了一种合成简单、易于人工化改造的溶酶体靶向嵌合体，能将蛋白质和核酸等生物大分子运输入溶酶体内进行特异性降解，丰富靶向降解物种类。本发明提供的溶酶体靶向嵌合体能大规模生产和长时间保存，可实现精确的位点修饰和标记，具有很好的稳定性，对运输条件要求宽松，同时其免疫原性小、组织渗透性好等。该发明进一步加速了靶向目的生物大分子的药物成药过程。