本发明公开了一种多通道电磁信号处理方法及系统，所述方法包括以下步骤：步骤S1.多通道时域电磁信号仿真；S2.时域信号变换为频域信号；S3.频域信号数据预处理；S4.低秩矩阵分析分离混叠的多通道信号；S5.分离信号幅度尺度恢复；S6.频域信号逆变换为时域信号。所述方法及系统能够有效处理多通道的混叠信号，做到有效分离，调制方式及信号的脉宽、PRI参数特征都可以有效恢复，进而有利于对信号的进一步分析处理，从而获得信号的准确信息。