本公开提供一种芯片封装结构及芯片封装方法，该结构包括：样本基板，设置有多个沿其厚度方向贯通的通孔；第一盖板和第二盖板，分别位于样本基板的沿基板厚度方向相对的两侧，与样本基板贴合设置；至少一对进样口和出样口，每对位于第一盖板和第二盖板中的一者上或者分别位于第一盖板和第二盖板上；每对进样口和出样口之间具有流通路径；第一盖板与样本基板相对的表面上设置有第一流道结构，第二盖板与样本基板相对的表面上设置有第二流道结构，第一流道结构和第二流道结构将多个通孔连通形成与每对进样口和出样口之间的流通路径对应的连续通道。本公开提供的芯片封装结构及芯片封装方法，可以解决样本进入微孔填充不满、微孔内有气泡等的问题。