本发明关于调控油菜花瓣大小的方法属于基因工程领域，提供敲除油菜Far‑Red Elongated Hypocotyl 3在调控油菜花瓣大小中的应用。在油菜中，BnaFHY3共有四个同源拷贝，分别位于A01、C01、A05和C05染色体上，分别为基因BnaA01G0219400WE/BnaA01.FHY3、BnaA05G0289800WE/BnaA05.FHY3、BnaC01G0308000WE/BnaC01.FHY3和BnaC05G0342900WE/BnaC05.FHY3。该应用利用基因编辑技术敲除油菜中A01、C01、A05和C05的BnaFHY3基因位点上的四拷贝，从而获得了bnafhy3纯合突变体。该突变体在开花时花瓣较正常野生型变小。在油菜中，花瓣面积与个体节能减耗、群体光能利用以及生态抑病等相关，小花瓣性状在这些方面具有优势。通过本发明可以快速获得小花瓣纯合突变体，为分子育种提供参考。