本发明公开了一种云环境系统重复数据删除的方法及系统，包括，将本地文件上传到云环境容器中，将本地文件按照文件块进行拆分组织，生成指纹列表UFR，通过对比指纹的相似性进行去重得到数据块、数据备份信息、以及压缩后的数据块指纹，生成批量重复数据删除模块、元数据管理模块；数据块按照指定的冗余策略备份到不同的网络环境中的容器中，并更新元数据模块中的元数据信息，生成数据备份模块；将数据备份模块中的备份文件通过定期回收机制，生成重复数据回收模块；将重复数据回收模块中新的备份文件按照访问频次分别存储到不同机房的不同存储介质，生成冷热数据存储模块，实现了云环境的重复数据删除中的数据完整性和安全性，提高了工作效率。