本发明涉及核技术利用中的辐射防护领域，一种分区布置加速器群与束流输运线跨区域协同关联运行的人身安全联锁系统，包括若干分区布置的加速器群安全联锁系统、若干跨区域束流输运线及其束流阻挡系统、中央控制台和服务器，本发明允许任一分区的加速器群与布置到该区的跨区域束流输运线同时出束，能够保障多区协同关联运行时的人员安全，多区协同关联运行时，若任一分区出现人员误照射事故或联锁故障时，立即切断该区域束流，但不能影响其他区域的正常工作和人员安全，任一分区独立运行时，无论是正常状态还是事故状态，均不对其他区域的正常工作和人员安全造成影响。