本发明提供一种含三层控制策略的多端口变流装置电能质量综合治理方法，可防止系统发生振荡失稳等重大风险挑战。本发明考虑可再生能源并网有功功率、电能质量治理、投入补偿容量三个方面，设计了多端口变流装置的三层控制策略。本发明相较于传统变流装置，在考虑多端口变流装置电能质量治理的同时兼顾了可再生能源并网有功功率和投入补偿容量。当分布式电源接入时，通过最小化可再生能源并网有功功率减小量、最小化电流谐波总畸变率、电压偏差和三相不平衡度、最小化投入补偿容量，解决了配电网可再生能源并网有功功率骤降、电能质量不理想和投入补偿容量过大的问题，为多端口变流装置控制策略及配电网多馈线电能质量治理提供了参考。