本申请提供的一种通信协议辨识方法及系统，获得待分析通信交互数据，所述待分析通信交互数据中包括交互主题；在所述待分析通信交互数据中识别所述交互主题对应的交互主题范围；将所述交互主题范围进行目标值分类处理，以确定所述交互主题在所述交互主题范围中对应的交互主题数据块；对所述交互主题数据块进行数据辨识处理，生成从所述待分析通信交互数据中删除所述交互主题的目标通信交互数据。以这种方式，不必依赖大规模训练数据，仅根据待分析通信交互数据自身的信息便可以精准地辨识出数据信息，从而可以提高协议确定的准确性和可靠性，在进行通信的时候，能确保正常通信。