本发明提供一种净烟气中二氧化硫浓度的控制方法及系统，方法包括：获取原烟气中二氧化硫含量值、净烟气中二氧化硫浓度值、石灰石浆液的实测进浆量以及浆液PH值；基于原烟气中二氧化硫含量值，确定石灰石浆液的理论进浆量；将实测进浆量与理论进浆量进行对比，得到对比结果；基于比对结果和浆液PH值，控制浆液输送泵的运行频率；基于原烟气中二氧化硫含量值和净烟气中二氧化硫浓度值，控制至少部分浆液循环泵按照预设调控级别分级运行。本发明提供的方案，能够在保证利用合理的调控资源对原烟气中二氧化硫进行高效处理的同时，精准控制净烟气中二氧化硫的浓度值，提高了净烟气中二氧化硫浓度的调控准确性和可靠性。